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永历四年十一月，平南王尚可喜、靖南王耿继茂攻陷广州，定南王孔有德占领桂林，驻于梧州的永历朝廷在同一日闻听两座省会陷落，当即便是乱成了一团。梧州位于两广之间，于现今的形势乃是处于备受夹击之势。不需要太多废话，朝廷上下仓促而逃，直奔南宁而去。

南宁是广西南部的重镇，永历君臣打算到了南宁，起码是暂且脱离了清军的兵锋之后再做打算。待到途径浔州地界，庆国公陈邦傅决议降清，准备将永历帝献给清军，结果被永历帝提前获知，“冲雨而过”。未能将永历帝作为投名状送给清军，陈邦傅干脆劫掠了一番随行官员，随后杀了撤退至此的宣国公焦链，凭此与其子文水伯陈曾禹向孔有德投降。

脱得虎口，但是两广即将陷落，再加上撤退时的漫无组织，乱兵乘机劫掠，一些有心追随朝廷的官员也裹足不前。

到了此时，随行的只剩下了内阁大学士严起恒、锦衣卫马吉翔、太监庞天寿等少数官僚。除了镇西将军朱旻如在昭平县阵亡、被革职的朝臣汪皞投水自尽以外，如明末四公子之一的方以智和五虎之一的“虎牙”金堡剃发为僧，逃入禅宗；如兵部尚书刘远生及其弟五虎之一的“虎皮”刘湘客避入深山；如鲁可藻、钱秉镫、王夫之等人都是在这时脱离永历朝廷返回清政府统治下的故乡以遗民自居。

相对这些脱离明廷的，身在广西的大学士唐諴、户部侍郎张尚、大理寺丞吴德操、广西巡抚余心度、督粮参议魏元冀等均先后向孔有德降清；而那些在广东的高官显宦们，如黄士俊、何吾驺、杨邦翰、李贞何、吴以连等同样是投诚恐后，其中黄士俊年已八十二矣，有嘲之者云“君王若问臣年纪，为道今年方剃头！”

除了这些人之外，素来以风节自命，曾降于清廷，也曾跟随李成栋反正的“虎头”袁彭年和“虎尾”丁时魁，一个在广东向尚可喜投降，另一个则在广西向孔有德摇尾乞怜，并且有志一同的自称当年在广州反正是受到了李成栋的逼迫所致。

广州、桂林，两处失陷，大军败溃、星散，更有如陈邦傅者转而降清的，而忠贞营在此事也已经无法于两广立足，只得北上夔东与其他大顺军残部汇合。

明廷在两广的统治大有树倒猢狲散的势头，永历朝廷哪怕是逃亡南宁也同样是朝不保夕。广西清军步步南下，永历朝廷下诏令郑成功率部勤王，奈何中左所遭到突袭，郑成功不得不原道返回；自请督师夔东的首辅大臣文安之在路上遭到了孙可望的扣留；至此，永历朝廷也只得再度向孙可望让步，册封其为冀王，结果自然是被一心求取秦王封号的孙可望所再度否决。

永历五年二月，广西清军南下柳州，南宁岌岌可危，永历朝廷已退无可退。眼见于此，孙可望连忙派出亲信部将贺九仪、张明志领劲兵五千赶赴南宁护驾。二将抵达南宁后，杀兵部尚书杨鼎和，逼死阻挠封秦的首席大学士严起恒。到了次月，永历帝不得不正式承认了陈邦傅、胡执恭矫封孙可望的秦王爵位，为滇封一案画上了一个句号。

由于大西军前来护驾，清军的攻势渐缓。待到大半年之后，清军再起大军，并且于腊月占领南宁。

这期间，前来护驾的贺九仪和张明志则早前由于永历朝廷在是否进入大西军控制区的事情上犹豫不决，因而拔营而去。等到孔有德的心腹大将广西提督线国安攻占南宁，他们也只得狼狈逃窜到了大西军的控制区，得到了大西军的保护才算是转危为安。

永历元年正月，永历朝廷进入云南，并且在次月被安置在了贵州的安隆千户所加以软禁。而孙可望于永历五年吞并贵州军阀匡国公皮熊和忠国公王祥所部，全取贵州一省后，在省会贵阳兴建秦王府，设六部，任命范鑛、马兆羲、任撰、万年策等人为尚书，自称国主，代掌国事。

大西军出滇，并不仅