大业九年八月，炀帝驾幸高阳。

杨广闻说杨玄感叛军已被扑灭，终于放下心事，因使大理卿郑善果、御史大夫裴蕴、刑部侍郎骨仪与留守樊子盖四人，推鞫杨玄感余党。

四人领旨称诺，隋帝复对裴蕴嘱道：杨玄感一呼而从者十万，朕益知天下人不欲其多，多即相聚为盗耳。若不尽加诛戮，无以惩后，卿须识之。

因此裴蕴仰承帝意，皆以峻法治之。此事之后，炀帝见中原皆反，便启驾往幸江都。

隋帝在江都坐犹未稳，黄门入报：今有山东章丘杜伏威、临济辅公袥率众起事，转向淮南，会合苗海潮、赵破陈等部，自称将军，声势大盛，进逼江都。

炀帝闻而大怒，便于江都调派兵马，使叶万绪为将，命限期扑灭各地叛军。

叶万绪奉旨，率兵进攻刘元进、朱燮、管崇等部，逼其退保黄山，然后围剿。刘元进、朱燮逃跑，管崇被擒。叶万绪斩杀管崇，及其将卒五千余人，收其部众子女三万余口。

炀帝复派江都丞王世充，发淮南兵数万人进讨刘元进。

王世充渡江进剿，频战皆捷，刘元进、朱燮败死于吴郡，余众或降或散。王世充召降者焚香为誓，约不杀降，哄骗义军余众归降之后，全部坑于黄亭涧，死者三万余人。

因此刘元进余党复又相聚为乱，官军遂不能讨，以至隋亡。

大业十年，春二月，辛未。隋炀帝不顾天下盗贼蜂起，再诏百僚，议伐高丽。由是廷议数日，群臣无敢言者。戊子日，下诏复征天下之兵，百道俱进。

九日之后，扶风贼帅唐弼便又起兵，自称唐王，拥立李弘芝为天子，拥众十万。

三月，壬子，炀帝行幸涿郡，士卒在道亡者相继。癸亥日到至临渝宫，郊祭黄帝，斩叛逃军士衅鼓，然而逃亡者更众，不能遏止。

夏四月，榆林太守董纯与彭城贼帅张大虎战于昌虑，大破贼师，斩首万余。

五月，庚申日，延安贼帅刘迦论自称皇王，建号大世，拥众十万。因与稽胡里应外合，侵掠地方。炀帝时至北平，诏命左骁卫大将军屈突通为关内讨捕大使，发兵进击刘迦论。

两军战于上郡，屈突通斩获刘迦论，及其部众首级万余，俘获男女数万人返师。

当时天下已乱，隋朝所征之兵大多失期不至，然而高丽亦因两次大战，以至困弊不堪。来护儿引军前至毕奢城，高丽举兵迎战，被来护儿一战而击破。隋军将直趋平壤，高丽王元大惧，遣使乞降，囚送主战大臣斛斯政至朝。

隋炀帝闻而大悦，遂遣使持节，召来护儿还兵。

来护儿闻旨，大集众将言道：我军三出，未能平贼，此时若还，不可复来。劳而无功，吾窃耻之。今高丽实困，若以此众击之，不日可灭其国。我欲进兵径围平壤，生擒高元，献捷而归，不亦善乎！

众将皆都哄然称是。来护儿于是答表请行，不肯奉班师诏命。

长史崔君肃固争不可，来护儿言道：贼势破矣，独以相任，自足办之。我今在阃外，事当专决，宁得高元还而获谴。舍此成功，所不能矣！

崔君肃复告众将：陛下脾性，何人不知！若从元帅违拒诏书，某必当闻奏，诸公则非但无功，皆应获斩罪也。

诸将闻言而惧，俱至中军，请元帅还兵。来护儿无奈，仰天长叹，只得奉诏班师。

八月己巳，隋炀帝自怀远镇班师。有邯郸贼帅杨公卿闻知，率其党徒八千人抄袭车驾后卫第八队，得飞黄上厩良马四十二匹而去。

冬十月丁卯，天子驾至东都；十二日后，还至西京。

于是告祭太庙，命斩高丽使者及斛斯政，以为牺牲；并将斛斯政肉煮熟，飨以百官，有奸佞媚上之徒，竟食至饱。分肉之后，将斛斯政挫骨